כמו כל פילוסופיה טובה , האחת נגזרת מהשנייה. החקלאות הביודינאמית החלה בשנות ה 20 של המאה הקודמת על ידי רודולף שטיינר, והחקלאות האורגנית החלה כשערים שנה לאחר מכן על ידי אדם בשם לורד נורט'בורן שהיה תלמיד של חקלאות ביודינאמית והגיע מתוך השיטה הזו. למעשה, לירון ישראלי , מרצה לחקלאות ביודינאמית בישראל כותב "בספרו מבט אל האדמה, נורט'בורן הדגיש את חשיבות העיקרון הביודינאמי "החווה כאורגניזם חי" ומשם נטבע השם חקלאות אורגנית. 

אבל רוב האנשים שמכירים את שתי השיטות יעידו שהיום יש להן מעט במשותף, בטח אם מסתכלים עליהם מעין של תו תקן ושיטת עשייה תעשייתית. 

שתי השיטות מדברות על החשיבות של בריאות האדם, האדמה והסביבה. שתיהן שיטות שמדברות על מגוון ביולוגי גדול ומערכת יחסים סימביוטית בכל המעורבים בדבר. אבל החקלאות הביודינאמית מתייחסת הרבה יותר להשפעות העדינות - האנרגתיות והפיזיות - על החיים ועל האדמה. 

לשיטה האורגנית יש היום הרבה יותר תווי תקן וגופי פיקוח בעולם וכל אחד מהם פועל קצת אחרת. זוהי שיטה שמעודדת שימוש בחומרים טבעיים אבל מאפשרת שימוש במגוון די רחב של חומרים במינונית מוגבלים ומפוקחים. בתו תקן האורגני של האיחוד האירופי למשל יש יותר מ 50 חומרים מותרים לשימוש. כלומר אפשר הרבה פעמים לפגוש חקלאים אורגניים שלמעשה פועלים בחשיבה ובגישה של חקלאים קונבנציוליים רק שהם משתמשים בחומרים שאושרו על פי התו תקן האורגני, והם מוגבלים במידת השימוש בחלק מהחומרים. 

השיטה הביודינאמית דוגלת בשימוש בחומרים טבעיים בלבד, שרובם הגדול הוא אחד משבע מרקחות שמקובלות בשיטה ומוסברות בכתביו של רודולף שטיינר. 

אפשר להסתכל על השיטה האורגנית ככזו ששמה לעצמה מטרה לא להרוס את בריאות הסביבה בעוד שהחקלאות הביודינאמית שמה לעצמה לבנות את בריאות הסביבה ולהעשיר אותה. 

לשתי השיטות יש את החלק של הגישה בכרם והחלק של הגישה ביקב. בהרבה מקרים אפשר לפגוש יינות שהענבים שלהם גודלו באופן אורגני או ביודינאמי וזה לאו דווקא יתן לנו את כל המידע לגבי אופן הטיפול ביקב. זה נכון אפילו יותר לשיטה האורגנית שמעגנת בחוק האירופאי תהליכים ותיקונים מסוימים שלחלוטין מותרים תחת התו תקן. 

באופן אישי אצלנו בעסיס תו תקן אורגני הוא לא מספק בשביל להביא אליכם יין כלשהו אבל יש הרבה פעמים שהענבים נעשים בגידול אורגני איכותי (עם או בלי תו תקן) ואז הייננות נעשית לחלוטין בשיטה הטבעית, וזה כבר משהו אחר.